兩只公?；蚪M分別利用454 GS FLX Titanium進(jìn)行測(cè)序，分別獲得了7.3倍和13.5倍基因組覆蓋度的數(shù)據(jù)，約20.5G和37.9G的測(cè)序序列，然后用Newbler將超過(guò)30G的堿基序列與參照基因組進(jìn)行比對(duì)，zui終超過(guò)86%的參考基因組有超過(guò)1x的覆蓋。
科學(xué)家應(yīng)用一種稱(chēng)為haplotracking的技術(shù)，確定了染色體中控制者重要的性狀的區(qū)域，這些區(qū)域在群體進(jìn)化中受到較大的選擇性壓力。這項(xiàng)研究揭示了奶牛基因組進(jìn)化的過(guò)程，顯示外在因素對(duì)這些重要基因的選擇作用，例如一些影響奶牛對(duì)傳染病抵抗能力的基因。
這兩只種牛的基因組約占目前北美荷蘭奶牛群體基因組的7%左右。研究人員從這兩只公牛基因組中，發(fā)現(xiàn)超過(guò)130萬(wàn)個(gè)SNP，并利用這些SNP對(duì)其后代進(jìn)行了單倍體型分型。研究人員發(fā)現(xiàn)了與繁殖、牛奶產(chǎn)量、抗病毒能力有關(guān)的一系列基因，這些基因控制的性狀都有可能影響到奶牛經(jīng)濟(jì)價(jià)值和奶廠的效益。
奶牛作為經(jīng)濟(jì)動(dòng)物，長(zhǎng)期以來(lái)受到很大的選擇壓力，如牛奶產(chǎn)量、奶脂含量，已經(jīng)有超過(guò)50年的人工養(yǎng)殖歷史，因此也積聚了大量的遺傳學(xué)信息，可以在后代的基因組中跟蹤，其后代也能重組這些單倍體型，這些信息可用于認(rèn)識(shí)復(fù)雜性狀的遺傳學(xué)機(jī)制。