該系統(tǒng)的主要影響因素是因在蛋白上引入標(biāo)記物可導(dǎo)致蛋白生物活性改變，因為標(biāo)記的結(jié)果，本質(zhì)上是制造了一個由目的蛋白和標(biāo)記物氨基酸序列融合而成新的蛋白。因此，使用該技術(shù)時，應(yīng)該認識到是研究新的蛋白特性，而不是研究蛋白的原來特性。但實踐經(jīng)驗表明這并不成為很大的問題，通過標(biāo)記蛋白獲得的信息可以采用針對原始未標(biāo)記蛋白的抗體證實。

第二方面的主要影響因素是在進行表位標(biāo)記時，許多目前使用的標(biāo)記物是由已知的蛋白（如myc基因產(chǎn)品）片段組成。這意味著抗標(biāo)記物抗體不僅識別被研究的標(biāo)記蛋白，同時還可能識別其他細胞蛋白，研究發(fā)現(xiàn)目前使用的針對許多表達載體標(biāo)記物的抗體具有交叉反應(yīng)性。為此應(yīng)用的抗標(biāo)記物抗體研究標(biāo)記蛋白時，均應(yīng)快速檢測其交叉反應(yīng)性。

此外，一些標(biāo)記物系統(tǒng)受保護，并僅通過商業(yè)途徑向外供應(yīng)。這可能會給實驗室的使用帶來經(jīng)濟上的負擔(dān)。

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