在某些情況下，蛋白質(zhì)染色的影響可能會干擾后續(xù)分析。例如，當(dāng)需要酶活性時(shí)，考馬斯染色；或者當(dāng)氨基酸的共價(jià)修飾會產(chǎn)生虛假結(jié)果時(shí)，在氨基酸分析之前進(jìn)行銀染色。在這些情況下，通常使用“導(dǎo)向帶"。引導(dǎo)條是與待分析泳道平行的泳道，包含尺寸標(biāo)記或重復(fù)樣品。凝膠運(yùn)行后，將導(dǎo)帶剪下并染色，然后與凝膠重新對齊并用作模板來引導(dǎo)條帶切除。該技術(shù)很簡單。常見的錯(cuò)誤是染色后未能用電泳緩沖液重新平衡凝膠。由于許多污漬會導(dǎo)致凝膠收縮或膨脹，重新平衡對于準(zhǔn)確和一致的重新調(diào)整是必要的。

在引導(dǎo)帶技術(shù)中，平行泳道被切除并染色以引導(dǎo)帶切除。